- — Деревни:
- — Аксёновы;
- — Александровская (Койдокурское СП);
- — Александровская 1 (Ухтостровское СП);
- — Александровская 3 (Ухтостровское СП);
- — Амосово;
- — Анашкино;
- — Андриановская;
- — Андрияновская;
- — Антониево-Сийский монастырь;
- — Басалиха;
- — Белая Гора (Емецк СП);
- — Белая Гора (Холмогоры СП);
- — Беличи;
- — Бельково;
- — Березник (Ракульское СП);
- — Березник (Хаврогорское СП);
- — Берёзы;
- — Богоявленская Горка;
- — Болото (Емецк СП);
- — Болото 1 (Хаврогорское СП);
- — Болото 2 (Хаврогорское СП);
- — Большая Вашкаранда;
- — Большая Гора;
- — Большая Товра;
- — Большое Залесье;
- — Большое Нижнее;
- — Большое Село;
- — Большой Наволок;
- — Бор (Ухтостровское СП);
- — Бор (Хаврогорское СП);
- — Бор (Холмогоры СП);
- — Бор-Больница;
- — Борковская;
- — Борок;
- — Боярская;
- — Бросачиха;
- — Бурмачевская;
- — Буты;
- — Бутырки;
- — Бухоровщина;
- — Бушково;
- — Бушковы;
- — Бызовы;
- — Вавчуга;
- — Варнавская;
- — Васильевская;
- — Вахново;
- — Великий Двор (Емецк СП);
- — Великий Двор (Ракульское СП);
- — Верхнее;
- — Верхнее Заполье;
- — Верхний Конец;
- — Верхняя;
- — Верхняя Гора;
- — Верхняя Горка;
- — Верхняя Паленьга;
- — Винная Горка;
- — Власьевское;
- — Вождорма;
- — Волково;
- — Волость 1 (Емецк СП);
- — Волость 2 (Емецк СП);
- — Вороновское;
- — Высокое;
- — Гбач;
- — Глухое;
- — Голдобиха;
- — Гольцово;
- — Гора 1 (Емецк СП);
- — Гора 2 (Емецк СП);
- — Гора 3 (Емецк СП);
- — Гора (Матигорское СП);
- — Гора (Хаврогорское СП);
- — Горка (Белогорский СП);
- — Горка 1 (Матигорское СП);
- — Горка 2 (Матигорское СП);
- — Горка 3 (Матигорское СП);
- — Горка (Хаврогорское СП);
- — Горка-Кузнечевская;
- — Горка-Ладковщина;
- — Горка-Рудаковская;
- — Горончарово;
- — Григоровская;
- — Дальнее;
- — Данилово;
- — Даниловская;
- — Демидово (Матигорское СП);
- — Демидово (Холмогоры СП);
- — Демидовы;
- — Демушино;
- — Домачево;
- — Донковы;
- — Дорохово;
- — Дублево;
- — Дурасовская 1;
- — Дурасовская 2;
- — Елисеевская;
- — Ельник;
- — Ендюга;
- — Ерзовка;
- — Ждановы;
- — Жилино;
- — Жучково;
- — Заболотье;
- — Заборье 1 (Емецк СП);
- — Заборье 2 (Емецк СП);
- — Заборье 3 (Емецк СП);
- — Заборье (Ракульское СП);
- — Задворье;
- — Задняя;
- — Закода;
- — Законокса;
- — Залебедка;
- — Залыва;
- — Заозеро;
- — Заозерье (Матигорское СП);
- — Заозерье (Хаврогорское СП);
- — Заполье 1 (Емецк СП);
- — Заполье 2 (Емецк СП);
- — Заполье 3 (Емецк СП);
- — Заполье 4 (Емецк СП);
- — Заполье 5 (Емецк СП);
- — Заполье 1 (Матигорское СП);
- — Заполье 2 (Матигорское СП);
- — Заполье 1 (Хаврогорское СП);
- — Заполье 2 (Хаврогорское СП);
- — Заполье 3 (Хаврогорское СП);
- — Запольица;
- — Заречка;
- — Заречье;
- — Заручевье (Емецк СП);
- — Заручевье (Матигорское СП);
- — Заручевье (Ракульское СП);
- — Заручевье (Хаврогорское СП);
- — Заручевье (Холмогоры СП);
- — Заручей (Емецк СП);
- — Заручей (Луковецкий СП);
- — Зачачье;
- — Земник;
- — Золотка;
- — Зуевщина;
- — Ивановы;
- — Ивлево;
- — Ивойловская;
- — Ильино;
- — Ичково;
- — Казаковщина;
- — Калажма;
- — Калитинская;
- — Канзово;
- — Кареньга;
- — Карчево;
- — Кашевариха;
- — Кашино;
- — Кельи;
- — Кеницы;
- — Кичижно;
- — Клишовщина;
- — Клубочиха;
- — Кобылинская;
- — Кожгора;
- — Кожево;
- — Кожинская;
- — Кокарево;
- — Кондратьевская;
- — Конокса;
- — Копачёво;
- — Копытово;
- — Корзовы;
- — Короли;
- — Короткие;
- — Коскошина;
- — Косновская;
- — Кочерино;
- — Красная Горка;
- — Красное Село;
- — Красный Яр 1;
- — Красный Яр 2;
- — Крениха;
- — Кривец;
- — Кричевское;
- — Кручинины;
- — Крюк;
- — Кудосмина;
- — Кузнецово;
- — Кузнецовы;
- — Кузнецы;
- — Кузнечиха;
- — Кузомень;
- — Кузополье;
- — Кузьминская;
- — Куково;
- — Кулига 1 (Емецк СП);
- — Кулига 2 (Емецк СП);
- — Кулига (Хаврогорское СП);
- — Кульмино Большое;
- — Кульмино Малое;
- — Курья Нога;
- — Куст-Лындовская;
- — Кутозерская;
- — Кушово;
- — Кязьмеш;
- — Летняя;
- — Леуново;
- — Лохта;
- — Лубянки;
- — Луташи;
- — Лыжино;
- — Лысица;
- — Макарово;
- — Макары (Емецк СП);
- — Макары (Хаврогорское СП);
- — Малая Вашкаранда;
- — Малая Гора;
- — Малое Залесье;
- — Малое Нижнее;
- — Малое Село;
- — Малый Наволок;
- — Марилово;
- — Марково;
- — Марковская;
- — Матвеевская;
- — Минеши;
- — Мироново;
- — Митревщина;
- — Митрофановщина;
- — Мурги 1;
- — Мыза (Емецк СП);
- — Мыза (Матигорское СП);
- — Мякурье;
- — Наволочек;
- — Надеиха;
- — Надозеро;
- — Надручей;
- — Неверово;
- — Некрасово;
- — Нестерово;
- — Нефедьево;
- — Нижнее Заполье;
- — Нижний Конец;
- — Нижняя;
- — Нижняя Гора;
- — Нижняя Горка;
- — Нижняя Паленьга;
- — Низ (Емецк СП);
- — Низ (Хаврогорское СП);
- — Никитины;
- — Нифериха;
- — Новая;
- — Новина;
- — Новинки 1;
- — Новинки 2;
- — Новинные;
- — Новозатопляевская;
- — Обухово;
- — Оводовы;
- — Одиночка (Койдокурское СП);
- — Одиночка (Матигорское СП);
- — Околодок (Ракульское СП);
- — Околодок (Хаврогорское СП);
- — Оладовская;
- — Орлецы;
- — Орлово;
- — Осередок 1 (Емецк СП);
- — Осередок 2 (Емецк СП);
- — Осередок 3 (Емецк СП);
- — Осередок 1 (Ракульское СП);
- — Осередок 2 (Ракульское СП);
- — Осина Гора;
- — Остров;
- — Остров Гривы;
- — Офролиха;
- — Ощепково;
- — Палишино;
- — Пекишево;
- — Первомайская;
- — Перелесок;
- — Перхуровская;
- — Петрушевская;
- — Печково;
- — Плахино;
- — Плесо;
- — Побоище;
- — Погода;
- — Погост 1 (Емецк СП);
- — Погост 2 (Емецк СП);
- — Погост 3 (Емецк СП);
- — Погост 4 (Емецк СП);
- — Погост (Матигорское СП);
- — Погост (Ракульское СП);
- — Погост 1 (Хаврогорское СП);
- — Погост 2 (Хаврогорское СП);
- — Погост (Холмогоры СП);
- — Подборье;
- — Подгор (Емецк СП);
- — Подгор (Хаврогорское СП);
- — Подгорье (Матигорское СП);
- — Подгорье (Холмогоры СП);
- — Подлесье;
- — Подсосанье 1;
- — Подсосанье 2;
- — Подсосны;
- — Понизовье;
- — Поташевская;
- — Почапы;
- — Прилук;
- — Пукшеньга;
- — Пустошка;
- — Пустыщи;
- — Пухтаковка;
- — Пятково;
- — Разлог;
- — Рембуево;
- — Рехачевы;
- — Речка;
- — Рипалово;
- — Романовская;
- — Россохи;
- — Рябиха;
- — Семеновы;
- — Сергеевщина;
- — Сетигоры;
- — Сивозерщина;
- — Слободка;
- — Смольниковская;
- — Собино;
- — Соснино;
- — Спасская;
- — Среднее;
- — Среднеконская;
- — Среднепогостская;
- — Старая Мельница;
- — Старозатопляевская;
- — Старостины;
- — Строительская;
- — Ступино;
- — Сурово;
- — Сухарево;
- — Сухие;
- — Такшеево;
- — Танашовщина;
- — Тарасица;
- — Тарасово;
- — Таратины;
- — Татаурово;
- — Тёгра Верхняя;
- — Тёгра Нижняя;
- — Тёгра-Осерёдок;
- — Телепниха;
- — Теребиха;
- — Терентьево;
- — Тереховское;
- — Тихновская;
- — Толокново;
- — Третьяково;
- — Трехновская;
- — Труфаново;
- — Тряпицыно;
- — Узиково;
- — Ульяново;
- — Усолье;
- — Устрека;
- — Усть-Емца;
- — Усть-Лындовская;
- — Усть-Мехреньга;
- — Фабрики;
- — Фатеевы;
- — Фелово;
- — Филимоновская;
- — Фомины;
- — Харитоново;
- — Харлово;
- — Хвосты Старые;
- — Хетка;
- — Ходчино;
- — Хомяковская;
- — Часовенская;
- — Часовня (Емецк СП);
- — Часовня 1 (Хаврогорское СП);
- — Часовня 2 (Хаврогорское СП);
- — Чащёвка;
- — Чевакино;
- — Чуга;
- — Чупровщина;
- — Чуроз-Гора;
- — Чухарево;
- — Чухча;
- — Шеинская;
- — Шепицы;
- — Шидозеро;
- — Шильцево;
- — Шильцово;
- — Шолково;
- — Юра;
- — Станции:
- — Кеницы;
- — Паленьга;
- — Посёлки:
- — Белогорский;
- — Брин-Наволок;
- — Ваймужский;
- — Варда;
- — Двинской;
- — Зелёный Городок;
- — Казенщина;
- — Карьеры Нижние;
- — Липовик;
- — Луковецкий;
- — Малая Товра;
- — Орлецы;
- — Палово;
- — Печки;
- — Пешемское;
- — Почтовое;
- — Пукшеньга;
- — Рожево;
- — Светлый;
- — Ступинские Карьеры;
- — Усть-Пинега;
- — Чащины;
- — Челомхотской Базы;
- — Сёла:
- — Емецк;
- — Ломоносово;
- — Холмогоры;
- — Хутора:
- — Матера.