- — Города:
- — Няндома;
- — Деревни:
- — Абатурово;
- — Алексеевская;
- — Андреевская (Няндома ГП);
- — Андреевская (Шалакуша СП);
- — Анташиха;
- — Бережная;
- — Большая Орьма;
- — Большое Матьзеро;
- — Большой Двор 1;
- — Большой Двор 2;
- — Бор;
- — Боровская;
- — Бряшниха;
- — Будринская;
- — Васильевская;
- — Вахрамеиха;
- — Вельская;
- — Верховье;
- — Верхотина;
- — Волковская;
- — Гавриловская 1;
- — Гавриловская 2;
- — Гора;
- — Горевская;
- — Горка 1;
- — Горка ;
- — Горка Грехнева;
- — Горка Дуплева;
- — Григорьевская;
- — Гридино;
- — Гришинская (Мошинское СП);
- — Гришинская (Шалакуша СП);
- — Грудиха;
- — Даниловская;
- — Демьяновская;
- — Дровневская;
- — Еремеевская;
- — Заболотье 1;
- — Заболотье 2;
- — Задняя;
- — Занаволок;
- — Зеленевская;
- — Ивановская;
- — Ивашково;
- — Ившинская;
- — Икса;
- — Ильинский Остров;
- — Казаковская;
- — Калининская;
- — Кипровская;
- — Климовская;
- — Климушина;
- — Конда;
- — Кондратовская;
- — Конинская;
- — Корехино;
- — Котовская;
- — Кривцы;
- — Кстово;
- — Кувшиниха;
- — Кузьминская;
- — Кулемиха;
- — Курниково;
- — Курья;
- — Кырчема;
- — Лобановская 1;
- — Лобановская 2;
- — Логиновская;
- — Лужная;
- — Лупачиха;
- — Макаров Двор;
- — Макаровская;
- — Малая Орьма;
- — Малое Матьзеро;
- — Мальшинская;
- — Манушкин Остров;
- — Мартевская;
- — Мартыновская;
- — Милехинская;
- — Монастырский Остров;
- — Мостовая;
- — Наволок;
- — Наумовская;
- — Нестеровская;
- — Низ 1;
- — Низ 2;
- — Низ 3;
- — Никоновская;
- — Ореховская;
- — Ортевская;
- — Осковская;
- — Остров;
- — Охтома;
- — Павловская;
- — Пал;
- — Пархиева;
- — Петариха;
- — Пигинская;
- — Погост 1;
- — Погост 2;
- — Подлесная;
- — Поздеиха;
- — Полинская;
- — Поповская;
- — Проково;
- — Пустарево;
- — Ручей;
- — Рябово-Матьзеро;
- — Савинская;
- — Сафонова Гора;
- — Село;
- — Сибирь;
- — Сидорова Гора;
- — Ступинская;
- — Суегра;
- — Тарасово;
- — Торновская;
- — Турлаевская;
- — Тухачиха;
- — Федосеевская;
- — Федотовская;
- — Федьковская;
- — Филипповская;
- — Фофаново;
- — Холопье;
- — Хомкино;
- — Шернинская;
- — Шолга;
- — Шултус;
- — Юдинская;
- — Яковлевская (Няндома ГП);
- — Яковлевская (Шалакуша СП);
- — Станции:
- — Бурачиха;
- — Зарученье;
- — Зелёный;
- — Лельма;
- — Лепша;
- — Междудворье;
- — Полоха;
- — Шипаховский;
- — Шожма;
- — Посёлки:
- — Великая Речка;
- — Дом Отдыха Озерки;
- — Заозерный;
- — Ивакша;
- — Квартал 23;
- — Лепша-Новый;
- — Лещево;
- — Мирный;
- — Новая;
- — Новая Икса;
- — Солюга;
- — Тарза;
- — Холмолеево;
- — Шалакуша;
- — Шестиозерский.